依西兹也不敢相信这个事实，帕伽索斯早已在决斗王国后失去消息的，他回来的目的却是……依西兹利用两个千年道具的力量把石化的奥贝利斯克（圣石）之巨神兵复活，不过巨神兵选择来海马当他的主人。主角正想与海马决胜负来决定谁才是真正的巨神兵持有者时。木马却提出在长城是海马相助才取得胜利的。海马拿走巨神兵,众人气愤不已，依西兹却认为这是命运。
正准备去找寻千年道具时，本田走来与城之内说，静香想和他去KC看剧场,依西兹提出时间紧迫，不能耽搁，众人觉得这时候轻松一下也好，于是无视依西兹的意见。来到KC，看到木马正安排BIG5（海马公司五巨头）在剧场中的表演（没办法，谁让他是副董事）。来到剧场坐好后，却发现静香竟是主角之一！扮演悲情少女的角色。之后逐一出场的BIG5竟然COS怪物（爆笑），之后就是老套的“小MM，你叫破喉咙也逃不了了，嘿嘿”木马则在一边旁白，这时怪物们向台下的观众挑战，木马请求支援。城之内这个单细胞正准备冲上去时，静香自己跑下来与来救自己的GG团聚，可怜的主角却要与台上的众怪物决斗(PS:决斗时的音乐也一改轻快哦。)战胜后BIG5融合变成五神龙!木马再次请求援助，下去换服装的叽野COS成蓝眼龙骑士,召唤出究极龙骑士一举打败五神龙。事后木马决定筹划下一次的表演时，BIG5认为不能再听从这个小孩子的指挥，四处逃离。
回广场找依西兹,终于只剩下最后一张神卡——拉（太阳神）之翼神龙了，也预测到下一个千年道具在考古场。出大地图去考古挖掘场,进入里面一阵地震，看来是受大邪神复活的影响。向龙崎说明来意后，一样打败他才肯让路，与龙崎决斗(开始场地为荒漠),继续深入与第5个千年道具守护者决斗。胜利后得到千年权杖，并解放了其中马力古的灵魂，他却说守墓一族的使命已经完了，他没有存在的必要。随后又一阵地震，看来离大邪神复活的日期越来越短了…………
回广场找依西兹,测得下一站遗迹。.来到遗迹看见尾木渔太，向他说明来意他告诉众人千年道具在深处，继续深入（这之前最后与渔太和羽蛾决斗提升等级）,以外地发现暗游戏也在这里，而且拿下了千年天平,看见众人时要求把其他5件千年道具交给他，但马上露出马脚被众人识破,痛贬是少不了的....（开始场地为暗）。胜利后得到千年天平，并解放了夏迪的灵魂。从他口中得知众千年道具持有者之所以被困在里面都是大邪神的暗之力影响。
回广场找依西兹,准备复活翼神龙时，天空龙却再次石化，没想到大邪神的力量如此之大，估计海马的巨神兵也是同样的下场，必须马上找到海马，而要令三张幻神卡完全复活只能集齐7个千年道具。去KC找海马，确认巨神兵也被石化后回来路上发现猎卡王已经开始行动了(全部开场时环境为暗),回去找依西兹时碰到了猎卡王(埃及使者)与铝场DD在决斗，但铝场的DD们却因为对方成功召唤埃及使者而败阵下来。随后赶到的铝场和主角则分别对付两队人。小心他的怪物防很高,拖得太久的话会被他集齐埃及使者,事前准备些风魔族的怪物。胜利后发现依西兹不见了，铝场用“超能力”得知她去追海马了，并告诉众人他们去童守车站。但猎卡王人多势众，吩咐众人去各地召集同伴来解放童守市。去卡店发生小剧情：本田和御枷龙儿齐心击退猎卡王，但事后却为是谁的功劳而争吵，还好随后赶到的众人出面调解。
去各地找同伴,但也伴随着战斗,童守码头（又遇到那对爆笑情侣的事件）--黑魔导使,遗迹--人形,考古场--喽罗,中国--光与暗的假面具,地下墓地--喽罗。（都很口臭，第一句都是说主角这样帮他是因为有什么困难吗，尽管他们最后都答应回童守）。找齐后回广场,有了同伴们的支援形势瞬间逆转。去KC剧场又是猎卡王（埃及使者），其召唤埃及使者将叽打败后BIG5居然企图造反，众人上前与之开战。回去与铝场对话,得知海马去了埃及文物展，去童守车站,进入车内遭到猎卡王喽罗的阻挠(LP只有2000的说),喽罗五连胜后,看见海马用蓝眼击退众猎卡王，主角正要上前相助时海马不领情，认为主角是为了巨神兵才这样做的，但巨神兵已经被石化了……即便如此海马还是告诉主角跟他们一起的女人（依西兹在里面）,于是众人立即进入。却碰见盗贼基斯，他以依西兹要挟众人帮助翼神龙复活，主角无奈只好交出所有千年道具，但没想到千年积木竟在他手里，之后集合7个千年道具之力使翼神龙复活！天空龙也随之复活了！与盗贼基斯开战,但意外地翼神龙没有变成战斗形态……盗贼基斯战败后游戏夺回了千年积木，在心中再次与暗游戏相遇，之后暗游戏出现，指出基斯没有使用神卡的资格而导致拉之神发怒，受到神的惩罚。随后众人将翼神龙（蛋形态——│││）交给主角。突然大邪神的力量进入基斯体内，并千年积木粉碎了，游戏慌张地捡起四零八落的积木时，迷宫兄弟（迷）将其中一块抢走，说想要拿回就来天马太阳的城堡。又变回“一个人”的游戏近乎崩溃，但主角说只要去天马太阳的城堡就可以拿回，于是马上起程。镜头转到外面：海马的巨神兵也复活了，突然迷宫兄弟（宫）将木马掳走，并要海马去天马太阳城，主角一行人决定与海马协力，但海马依旧不领情，众人无奈只好前往天马太阳城。这时千年道具守护者前来，说千年道具拥有穿越时空的能力，所以要求众人前往中国弄清楚。当今之计只好听从了。
来到中国,突然出现的神官西蒙，他说出主角手里的翼神龙还未觉醒，回去与依西兹商量后, 得知要使用翼神龙必须懂得古代神官文字,而现在懂得古代神官文字的人只有他的弟弟——马力古，但他现在在埃及过着新的人生。主角一行人决定前往埃及，在埃及见到了里斯度（纹身和尚）得知众人来意后指出马力古,不能见众人，正准备硬来时马力古要众人入内。这时马力古正为父母的墓碑祈祷，之后向众人解释翼神龙是最强的神卡，但要考验主角是否有作为神的持有者的资格。胜利后马力古替主角解放了翼神龙的力量。但翼神龙最强的姿态是不死鸟，众人期待着其在帕伽索斯城发挥其无敌的神力。而门外里斯度则说解读古代神官文字耗去了马力古不少时间，希望在其赎罪期间不要再来打扰。
再次前往中国,西蒙得知翼神龙的力量觉醒后要考验主角，追踪他来到长城时之迷宫，打倒守门的喽罗(LP3000)后,他会告诉你一个怪物名,要记住哦.5连胜后神官西蒙会问你刚刚顺序怪物名字,选项是2,1,然后就会向你挑战，战胜后他说会在帕伽索斯岛为大家寻找揭开结界的办法。
来到帕伽索斯岛,海马已经先进去了，在坐电梯的时候有个帕伽索斯发型的变相怪杰向你发难(LP10000),被3只车轮战后接下来还有两个暗猎人二选一(LP15000)。战后城之内替主角抵挡两个刺客。
来到地下, 帕伽索斯再次派出“变相怪杰”部队，所有战斗环境开始时为山。一路深入,在门前再次遇到迷宫兄弟(LP15000),战后游戏独自阻挡迷宫兄弟，让主角独自前往帕伽索斯城。
来到帕伽索斯城，西蒙告诉主角要穿越无限的路必须拿到魂的光芒，到各地去借助同伴的魂之卡片的力量。.
去各地找伙伴决斗,广场--铝场,得到人造人,童守码头--孔雀舞,得到神鹰女郎,地下墓地--骨冢,得到鬼王南瓜怪,考古场--龙崎,得到双头恐龙，遗迹--渔太,得到传说渔人,羽蛾,得到昆虫女王。最后来到帕伽索斯城,进入无限循环迷宫,与5个假扮同伴的喽罗决斗(LP10000),顺序是骨冢,龙崎,羽蛾,渔太,铝场,舞。过了无限循环迷宫后看到海马也在这里，但随后出现的木马却遭到洗脑，海马无法与木马决斗，于是只好拜托主角了,战后木马清醒，海马认为要打败大邪神必须要三张神卡，于是决定与主角决斗，战后得到巨神兵。
来到封印之间，遇见幕后帕伽索斯，原来他叫众人来的目的，是为了得到决斗者的心作为大邪神复活的供品，他已经得到了游戏的决斗者之心了。为得到最后的心决战 (LP20000)。他的心变和直接伤害卡组很棘手，尽量不要令LP受损过度。
最后黑暗大邪神的封印解除, 帕伽索斯感到奇怪为什么自己战败的心可以令大邪神复活，依西兹解释到因为他有一颗真正的决斗者的心。可是面对强大的大邪神主角因为之前一战已经没有余力了，这时海马，游戏，城之内赶来协助主角。帕伽索斯则将千年积木的碎片交还给游戏，千年积木再次复元，三人强大的力之结晶将大邪神的力量削弱。主角则上前与作大邪神最后决斗(LP40000)。他的怪物几乎全是恶魔族和黑魔族的,因此战前准备些白魔族和幻想魔族。光之护封剑，强欲之壶，激流葬等超级卡1的数量高达3张。4星怪物很多2000攻击力以上,以属性相克和装备魔法来拼吧。不过更可怕的是他居然也有3神卡.........不能让他有召唤的机会！胜利后大邪神的思想进入了帕伽索斯体内，但没想到他为自己的失败感到耻辱竟要求主角将他封印，三张幻神卡终于将大邪神的力量封印了，帕伽索斯城也因为之前的激斗而倒塌，众人迅速逃离……ENDING(爆机后的剧情很搞笑哦).
通关后追加场景"永恒之间",里面的NPC都很强,算是对觉得还不够过瘾的高手们的一种补偿吧?(笑).
3.隐藏人物攻略
就是永恒之间里的角色，共同特点为光之护封剑，强欲之壶，激流葬，羽毛扫等超级卡的数量高达3张。开始环境即为暗。
西蒙：LP30000，以各类型的4星2000攻击力为主的怪物组成。最强怪物是机械王。只要配合装备魔法就行了。
帕伽索斯：LP30000，以钠祭之魔和千年钠祭为主的心变卡组，对抗手法是以直接伤害为主的卡组。
夏迪：LP30000，4星怪物部分和西蒙很相似，但高星怪物以神魔族为主，同样不能让他有召唤的机会。
暗城之内：LP30000，以直接伤害的魔法卡为主，4星怪物则以战士族为主，因为没有环境适应，所以硬攻就可以了。最强怪物是真红眼黑龙。 |